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、すべての発生段階及び成体組織においてメチル化から免れている。しかしながら、由来する親の性別に依存して一方のアレルのみが発現するインプリント遺伝子近傍とX染色体上に存在するCGIはこの例外であり、アレル特異的なメチル化を受けている。
メチル化は THULE/スーリー アルファロメオ 159 4ドア '06~ 939# キャリア 車種別セット/754+961+1419、個々の遺伝子の発生段階・各組織特異的な機能発現制御、ゲノム刷り込み現象、雌におけるX染色体不活化、そしてゲノムに侵入したウイルスの不活性化による生体防御など、哺乳類の生命維持に不可欠である。
我々は、ヒト21番及び11番染色体上のCGIのアレル別のメチル化状態を網羅的に調べ、下図に示すような配列に依存したアレル特異的メチル化を初めて同定した(Yamada et al., Genome Res., 2004)。下図では、白丸が非メチル化CpGを、黒丸がメチル化mCpGをそれぞれ示しており、アレルA-B間の配列の違いに依存してプロモータ領域にメチル基が付加され TUFREQ(タフレック) トラック専用ルーフキャリア Cシリーズ 【マツダ スクラムトラック 年式:H11.1-H14.5 型式:DG52T/DH52T】 品番:CF227A (Code:S-1)、結果として配列差異に依存したアレル特異的遺伝子発現がもたらされる。

また、海外の複数の研究グループにより、配列依存的アレル特異的メチル化が、ヒト及びマウスゲノム上において普遍的に存在することが報告されている。このため、非コーディング領域における多型配列が引き起こす各種疾患感受性差異のメカニズムを、配列依存的アレル特異的メチル化により引き起こされる遺伝子発現差異を通して理解できるのではないかと期待されている。また実際に、FTO (fat mass and obesity associated)Type 2糖尿病・肥満では、疾患感受性ハプロタイプ特異的なメチル化が既に報告されている。
このため本研究室では、次世代シークエンサーを用いて一塩基解像度で全ゲノムメチル化シークエンスを行い、この大量データの情報解析を行うことで、配列依存的アレル特異的メチル化の研究を行っている。

マイクロアレイデータ及び次世代シークエンスデータ解析アルゴリズムの開発

マイクロアレイやRNAシークエンスは、数千、数万の遺伝子機能発現状態を一度に定量可能な遺伝子工学の技術である。しかしながらこのような膨大な遺伝子発現データから有用な知見を発見し、薬剤開発や医療診断などに役立てるためには、人手による作業では限界がある。そこで、本研究室ではコンピュータを用いた統計解析を通して、遺伝子発現データ解析アルゴリズムの開発を行っている(Yamada et al., BMC Research Notes, 2012)。また 、次世代シークエンスデータを用いた突然変異解析や異常転写物の同定なども行っている。下図は、

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、次世代シークエンスデータのゲノム上へのマッピング結果例を示している。


{yahoojp} {gie.ec.t.kanazawa-u.ac.jp}
{yahoojp}jpprem01-zenjp40-wl-zd-67073